Климат Иссык-Куля оказывает значительное влияние на разнообразие флоры и фауны этой местности. 2

Для флоры климат характеризуется контрастностью баланса тепла и влаги, что приводит к вертикальной поясности растительного покрова и водных экосистем. 2 Например, на западе Иссык-Кульской котловины, где осадков выпадает меньше, преобладают пустынные, полупустынные и болотные биоценозы. 2 С продвижением на восток и увеличением количества осадков они уступают место сухостепным, степным, лугостепным, речным и озерным биоценозам. 2

Для фауны климат способствует обитанию различных видов, в том числе редких и уникальных. 14 Например, на склонах гор обитают орлы, грифы, архары, беркуты. 4 В лесах — джейран, бурый медведь, сапсан, тетерев. 4 Вблизи воды — лебеди, чайки, журавли, нырки, кулики. 4 Многие редкие млекопитающие, встречающиеся на озере, занесены в раздел исчезающих популяций Красной книги. 14

Таким образом, климат Иссык-Куля способствует формированию разнообразной экологической системы, где различные биоценозы сменяют друг друга в зависимости от баланса тепла и влаги, что в итоге влияет на обилие и разнообразие обитающих здесь видов.