Гиндукуш оказывает следующее влияние на климат и географию Афганистана:

• Климат. Высокие горные хребты «выжимают» осадки из проходящего сухого тропического воздуха, поэтому северо-западные склоны имеют большее увлажнение. 3 Наиболее увлажнены юго-восточные склоны Гиндукуша и отрог Хинду-Радж, летний индийский муссон приносит до 800 мм осадков в год. 2 Для высокогорных районов, особенно на северо-востоке страны, характерна особенно суровая зима, зимние температуры могут опускаться ниже −20 °С. 1
• География. Реки, стекающие с северных склонов Гиндукуша, имеют важное ирригационное значение для Афганистана. 2 По горной системе проходит турано-индский водораздел — важный климатический и ландшафтный рубеж. 5 Леса (около 5% территории) сосредоточены в среднегорном поясе Гиндукуша на востоке страны. 1