Гидроэнергетика оказывает следующее влияние на экологию и окружающую среду:

• Разрушение среды обитания растений и животных. 1 Это вызвано обезвоживанием или пересыханием притоков рек и ручьёв. 1
• Изменение русла. 1 Оно связано с избыточной подачей воды в период регулирования стока. 1
• Урон популяциям рыб. 1 Гидроэлектростанции блокируют пути миграции рыбы, что приводит к сокращению и исчезновению некоторых видов. 4
• Выбросы парниковых газов. 1 Водохранилища задерживают органику, приносимую водными потоками, и при её разложении выделяются значительные объёмы парниковых газов. 1
• Изменение микроклимата. 1 Водохранилища повышают влажность воздуха, способствуют изменению ветрового режима в прибрежной зоне, а также температурного и ледяного режима водостока. 1

При правильном планировании развитие гидроэнергетики может оказывать и положительное влияние на окружающую среду: вода водохранилищ может использоваться в сельском хозяйстве для полива, в них можно разводить рыбу, а в некоторых случаях водохранилища ГЭС позволяют регулировать речной сток и предотвращать наводнения. 3