Влияние Енисейской ГЭС на режим реки заключается в следующих изменениях:

• Гидрологический режим. 1 На участке ниже плотины на 0,7–2,5 м снизились наивысшие весенние уровни воды и на 15–35% уменьшились средние за период половодья расходы воды. 1 При этом на 0,5–2,0 м повысились уровни воды и в 1,5–3,0 раза увеличились средние расходы воды за зимнюю межень. 1
• Температурный режим. 12 В результате создания ГЭС в нижнем бьефе температура воды понижается летом и повышается осенью и зимой. 1 Водохранилище выровняло сезонную температуру реки: летом она опустилась на 7–8 °C, а зимой поднялась на 1,5–2 °C. 2
• Установление ледяного покрова. 1 На участке ниже ГЭС оно происходит позднее, чем в естественных условиях. 1

Кроме того, ГЭС и её водохранилище создали проблему до этого не известных зимних наводнений. 2 Также снизилась самоочищающая способность реки, что повлияло на речную флору и фауну. 2