Развитие транспорта, в частности судоходства, привело к серьёзному загрязнению бассейна Великих озёр и нарушениям в их экологическом балансе. 34

Некоторые последствия:

• Поступление токсических веществ. 2 Со сточными водами в озёра стали попадать соли тяжёлых металлов и хлорорганические соединения. 2 Они накапливались в донных отложениях и водных организмах. 2
• Возрастание биогенной нагрузки. 2 В частности, увеличилась фосфорная нагрузка на озёра, что вызвало изменения их трофического статуса. 2
• Деградация ихтиофауны. 5 Из некоторых районов побережий Мичигана, Гурона, Верхнего почти исчезли ранее многочисленные популяции норки и выдры. 5
• Снижение качества воды. 5 Наиболее низкое качество воды — в самом проточном озере Эри, из-за меньших размеров и наибольшей нагрузки его экосистемы загрязняющими веществами сточных вод крупных городов. 5

С 1970-х годов США и Канада предпринимают попытки минимизировать наносимый озёрам ущерб. 3