Труды Эрнста Геккеля оказали значительное влияние на развитие экологии как науки. 34

В книге «Общая морфология организмов» (1866) учёный впервые обосновал необходимость выделить самостоятельную биологическую дисциплину об отношениях живых организмов и их сообществ между собой и с окружающей средой, которую назвал экологией. 3

Некоторые другие достижения Эрнста Геккеля в области экологии:

• Он одним из первых упоминал об экологической нише, указывая, что для каждого отдельного вида в экономии природы имеется определённое число мест. 4
• Геккель привёл классический пример трофической цепочки: пальмы — насекомые — насекомоядные птицы — хищные птицы — клещи — паразитические грибы, ввёл понятие «бентос» и др.. 4
• Учёный сформулировал биогенетический закон, согласно которому в индивидуальном развитии организма как бы воспроизводятся основные этапы его эволюции. 3