Саяно-Шушенская ГЭС оказала влияние на экологию региона, в частности, привела к следующим изменениям:

• Изменение микроклимата. 4 Образование водохранилища и полыньи в нижнем бьефе повлияло на микроклимат прилегающих территорий: снизился градиент температур воздуха, возросла влажность воздуха, усилилось образование туманов. 4
• Изменение гидрологического режима. 1 Прекратились ежегодные половодья, из-за чего не очищалось русло Енисея. 1
• Влияние на растительный и животный мир. 1 Некоторые виды растений и животных исчезли, но чаще стали встречаться сопутствующие человеку виды. 1 Возникла массовая зимовка птиц. 1
• Загрязнение водохранилища. 2 При эксплуатации гидротехнических сооружений часто возникает угроза загрязнения акваторий и территорий из-за накопления различного рода загрязнений в водохранилищах. 2
• Затопление территорий. 34 В результате сброса воды, например, в 1987 и 2006 годах, происходили затопления, которые наносили урон прибрежным лесам, лугам и животному миру на большой территории. 3

Однако, по оценке специалистов, воздействие ГЭС на окружающую среду не является критическим, особенно если энергетики соблюдают все экологические стандарты на стадии проектирования объекта, его строительства и реализуют природоохранные мероприятия во время эксплуатации гидростанции. 1