Горная система Тянь-Шань оказала значительное влияние на формирование ландшафта и климата Киргизии, в частности:

Для ландшафта Тянь-Шань способствовал созданию разнообразных ландшафтных зон, которые зависят от высоты местности. 14 Например, в Восточном Тянь-Шане в предгорье и низкогорье типичны ландшафты пустыни и полупустыни, поднимающиеся до высоты 1600–2200 м. 4 Выше распространены степные ландшафты, сменяющиеся на высоте 2800–3000 м высокогорными остепнёнными и пустошными лугами, на высоте 3400–4000 м — нивально-гляциальные ландшафты. 4 На более увлажнённых северных склонах на высоте 1700–2800 м — участки хвойных лесов, на южных склонах леса замещены участками степей и зарослями кустарников. 4

Для климата Тянь-Шань повлиял на формирование различных климатических зон, от знойных пустынь у подножий гор до холодного климата высокогорной снежно-ледяной зоны. 1 Под воздействием горного рельефа происходит обострение атмосферных фронтов и выпадение значительного количества осадков, преимущественно на западных склонах. 1 На восточных склонах и в котловинах Внутреннего и Центрального Тянь-Шаня создаются засушливые условия. 1 Максимум осадков летний, однако на западных склонах гор много осадков выпадает и зимой. 1

Кроме того, горные хребты Тянь-Шаня препятствуют проникновению циклонов и антициклонов, влияют на общую циркуляцию атмосферы и служат естественными границами климаторазделов. 3