Новосибирское водохранилище оказывает как положительное, так и отрицательное влияние на экосистему региона. 5

Положительное влияние:

• Уменьшение дефицита водных ресурсов в период зимней межени. 1 Это положительно влияет на условия существования сформировавшихся водных экосистем. 1
• Улучшение качества воды по гидрохимическим показателям. 12 В основном не происходит загрязнения воды при движении от входного створа к плотине. 1
• Снижение рисков затопления территорий в нижнем бьефе. 3

Отрицательное влияние:

• Изменение термического режима. 1 В зимний период водохранилище утепляет реку ниже плотины, что вызывает образование незамерзающей полыньи. 12 Это приводит к повышению испарения и увеличению дней с туманами, а также к нарушению сложившихся транспортных связей в зимнее время по льду реки. 1
• Негативное влияние на рыбные запасы. 3 Значительная часть молоди и взрослых рыб гибнет на осушаемых мелководьях в подледный период, а производители испытывают недостаток нерестилищ. 3
• Разрушение берегов. 4 Основная причина — воздействие ветровых волн, сопряжённое с дефицитом рыхлого материала (песка, наносов) в береговой зоне. 4
• Заиление прибрежных заливов и засорение акватории плавающей древесиной. 1