Муха цеце оказывает разное влияние на экосистему Африки.

С одной стороны, она может негативно влиять на неё, перенося трипаносомы — одноклеточные паразиты, вызывающие сонную болезнь и болезнь нагана. 13 Цеце заражается от больного животного, а затем передаёт паразитов следующей жертве. 1

С другой стороны, муха цеце веками защищала дикую природу Африки от разрушительного влияния человека. 1 Благодаря её смертельной угрозе многие уникальные экосистемы остались нетронутыми, сохранив своё биоразнообразие. 1

Также, по мнению учёных, наличие мухи цеце к югу от Сахары предопределило экономическое отставание африканских стран. 3 На протяжении многих веков люди вынуждены были покидать плодородные долины рек, пригодные для высокопродуктивного сельского хозяйства, чтобы не стать жертвой насекомого. 3