Архипелаг Чагос в Индийском океане оказывает влияние на экологию и биоразнообразие океана, в частности:

• Обеспечение убежища для различных видов рыб. 5 Морской заповедник Чагос, созданный в 2010 году, стал важным местом для таких видов, как скаты, манты, акулы, тунец. 5 Заповедник имеет особое значение для видов, находящихся под угрозой глобального исчезновения, например шелковистой акулы. 5
• Поддержка гнездования морских птиц. 5 На архипелаге обитают восемнадцать различных видов гнездящихся птиц, а десять островов были признаны важными орнитологическими территориями. 5
• Место для гнездования черепах. 5 Острова архипелага являются жизненно важными местами для гнездования зелёных и черепах ястребиного клюва. 5

Однако есть и негативные факторы, которые повлияли на экологию и биоразнообразие океана через архипелаг Чагос:

• Влияние крыс. 13 Завезённые людьми грызуны охотились на птиц, сокращая их популяцию. 1 Это нарушало здоровую экосистему, которая зависит от помёта морских птиц. 1
• Угроза коралловым рифам. 14 В 2015 году волна морской жары в результате сильного явления Эль-Ниньо вызвала массовое обесцвечивание рифов Чагоса. 4 Это влияло не только на кораллы, но и на целые системы рифов и рыб, которые кормятся, нерестятся и живут среди коралловых ветвей. 4