Горы Куньлунь представляют собой позднепротерозойско-палеозойскую складчатую систему. 1 Она образовалась на месте океанического бассейна Палеотетис в результате столкновения ряда континентальных блоков, отколовшихся от Гондваны, с Таримской платформой и Цайдамским массивом на южной окраине Евразии. 1

В строении складчатой системы выделяют северную внешнюю зону и южную внутреннюю зону: 1

1. Северная зона сложена дислоцированными и прорванными гранитами, верхнепротерозойско-нижнепалеозойскими мелководно-морскими карбонатными и терригенными отложениями, в основании разреза которых встречаются вулканиты основного состава. 1
2. Южная зона образована верхнепалеозойско-триасовыми дислоцированными глинистыми и флишевыми толщами, слагающими ряд покровных пластин. 1

Основные складчатые структуры и гранитные породы гор Куньлунь датируются примерно 250 миллионами лет назад. 2 Внутренние впадины, в целом, являются относительно недавними структурами, образованными отложениями возрастом не более 26 миллионов лет. 2

Куньлунь сохраняет тектоническую подвижность, сопровождающуюся интенсивной сейсмичностью (особенно в северных хребтах). 1