Река Туманная и её бассейн имеют важное экологическое значение для региона, так как низовья реки — одно из важнейших мест остановки водоплавающих птиц восточноазиатского пролётного пути. 2

Однако бассейн реки испытывает экологические проблемы из-за интенсивного развития промышленности в КНР. 2 Основные источники загрязнений — промышленные предприятия и коммунальные стоки. 1 В водном стоке Туманной отмечаются нефтяные углеводороды, хлорорганические пестициды, тяжёлые металлы, высокие концентрации взвешенных частиц. 13

Вырубка лесов в бассейне реки также способствует эрозии почв и повышению мутности воды. 2

Кроме того, российская часть акватории Туманной — важнейшее место спортивной охоты на различную водоплавающую дичь, а также на фазанов и косуль. 2

Таким образом, экологическое значение реки Туманной связано с сохранением уникальных природных ресурсов и необходимостью решения проблем, связанных с загрязнением и негативным воздействием хозяйственной деятельности на экосистему региона.