До начала сброса отходов озеро Карачай представляло собой небольшое бессточное озеро или периодически пересыхающее верховое болото. 1 В маловодное время оно часто пересыхало, из-за чего его не всегда наносили на карту. 7
Эндемичные растения могли произрастать в озере до начала эксплуатации. 1 Однако данное болото (пересыхающее озеро) не являлось единственным, и сходные условия произрастания в этом районе не уничтожены, поэтому говорить о полном исчезновении каких-либо эндемичных видов, связанных с эксплуатацией озера Карачай, нельзя. 1
С 1951 года в озеро Карачай сливали жидкие радиоактивные отходы с радиохимического предприятия ПО «Маяк». 13 В 2015 году водоём был полностью засыпан. 35