В Тофаларском заказнике Иркутской области обитают, например, такие животные:
- Млекопитающие: лось, изюбрь, косуля сибирская, северный олень, кабарга, колонок, горностай, волк, рысь, росомаха, норка, соболь, медведь, белка, бурундук. 12
- Птицы: чёрный аист, беркут, пискулька, скопа, орлан-белохвост, сапсан, филин, 7 видов из которых включены в Красную книгу России. 12
- Рыбы: гольян, хариус Световидова, ленок, налим, каменная широколобка, таймень. 12
Восемь видов животных заказника занесены в Красные книги России и Иркутской области: чёрный аист, беркут, пискулька, скопа, орлан-белохвост, сапсан, филин, северный олень. 12