Некоторые виды животных, которые считаются особо охраняемыми в Кандалакшском заповеднике:

• Атлантический большой и хохлатый баклан, атлантический серый тюлень. 12 Для этих видов заповедник является основным местом размножения в России. 1
• Обыкновенная гага. 12 В Мурманской области почти все гаги размножаются в заповеднике. 1
• Скопа, беркут, орлан-белохвост, кречет, сапсан, обыкновенный серый сорокопут, скандинавский белозобый дрозд. 1
• Северная олуша и большой поморник. 1 Эти птицы включены в Красную книгу Мурманской области, они размножаются преимущественно в заповеднике. 1
• Несколько видов китов и дельфинов, морж, обыкновенный тюлень, белый медведь. 1

Также к особо охраняемым видам относятся серые жабы, остромордые и травяные лягушки, живородящие ящерицы и обыкновенные гадюки. 2