Некоторые виды животных, которые обитают в заповеднике «Кузнецкий Алатау»:

• Млекопитающие. В заповеднике зарегистрировано 58 видов, в том числе насекомоядные (11 видов), рукокрылые (9 видов), грызуны (18 видов), зайцеобразные (2 вида), хищные (13 видов) и копытные (5 видов). 1 Среди широко представленных видов — красная и обыкновенная полёвки, азиатский барсук, выдра, европейский бурый медведь, обыкновенная лисица, обыкновенный бобр и европейский лось. 1 Символ заповедника — сибирский северный олень. 15
• Птицы. Орнитофауна заповедника включает 281 вид, из которых 239 — гнёздящихся. 1 В заповеднике обитает 21 вид редких птиц, занесённых в Красную книгу РФ, 8 видов включены в Красный список Международного союза охраны природы, десятки видов внесены в Красную книгу Кемеровской области. 1
• Амфибии и рептилии. В заповеднике зарегистрировано два вида амфибий (серая жаба и остромордая лягушка), три вида рептилий (ящерица живородящая, гадюка обыкновенная и обыкновенный щитомордник). 1
• Рыбы. В реках и горных озёрах водятся 14 видов рыб, среди них таймень, хариус, речной гольян, елец, пескарь, сибирский голец, пёстроногий подкаменщик. 15