Некоторые виды животных, которые обитают в Байкальском заповеднике:

• Млекопитающие: северный олень (лесной подвид алтае-саянской популяции), выдра, кабан, косуля, лось, бурый медведь, соболь, глухарь, чёрный коршун, кукша, тундряная куропатка, хохлатый осоед. 1
• Парнокопытные: благородный олень (изюбрь, марал), лось, сибирская косуля, кабарга, северный олень и кабан. 3
• Зайцеобразные: заяц-беляк и северная пищуха. 3
• Лисица встречается по всей территории заповедника, чаще около озера Байкал и вблизи реки Темник. 23
• Волки обитают в пределах долины реки Темник. 3

Также в заповеднике стали местом миграции перелётных птиц: синехвостка, белая трясогузка, полярная овсянка, дрозды, соловей-красношейка и другие. 2 Примерно 50 видов птиц обитает в заказнике на протяжении всего года: тетерев, ястребиная сова, синица, сорока, сойка, снегирь, дятел и другие. 2