Некоторые виды животных, которых можно встретить в Саяно-Шушенском заповеднике:

• В лесной зоне: соболь и белка, сибирская кабарга, медведь, марал, реже встречаются рысь, росомаха и лось. 4
• В таёжной зоне: заяц-беляк, пищуха, глухарь, рябчик. 4
• В горной лесостепи: сибирский горный козёл, в ареале которого обитает снежный барс (ирбис). 4
• На малоснежных участках лесостепной зоны: волк, кабан, косуля сибирская, алтайский улар, бородатая куропатка. 4
• В степной зоне: очень редко встречаются манул и каменная куница. 4
• У верхней границы леса и в горной тундре: северный олень, тундряная и белая куропатки. 4

Также в заповеднике обитают два вида зайцев — беляк и пищуха, рядом с водой можно увидеть выдру. 3