Некоторые редкие виды животных, которые встречаются в Башкирском заповеднике:
- Млекопитающие: белка-летяга, лесная соня, хомяк, европейская норка, светлый хорь, колонок. 2
- Рыбы: форель ручьевая, обыкновенный таймень, европейский хариус, русская быстрянка, обыкновенный подкаменщик. 2
- Птицы: скопа, большой подорлик, могильник, беркут, орлан-белохвост, кречёт, сапсан, филин. 2
- Насекомые: дневные бабочки-парусники аполлон обыкновенный и мнемозина, крупный кузнечик дыбка степная. 2
Некоторые редкие виды растений, которые встречаются в Башкирском заповеднике:
- Луковичный эфемероид Tulipa biebersteiniana. 1 Обнаружен лишь в двух пунктах заповедника. 1
- Опушечно-луговые виды орхидей: Coeloglossum viride и Gymnadenia conopsea. 1
- Папоротник Botrychium multifidum. 5 В заповеднике известно всего два местонахождения этого вида (с 15–25 особями). 5