В реке Кагера обитают различные виды рыб. 1 По состоянию на 2001 год только в руандийском районе было известно по меньшей мере 55 видов, и фактическое число, вероятно, выше. 1

Кроме того, существует по меньшей мере 15 неописанных видов гаплохромовых цихлид, которые являются эндемиками некоторых озёр в верхних частях бассейна реки. 1

Из-за множества водопадов и порогов различные участки бассейна реки Кагера чётко разделены, что затрудняет или даже делает невозможным передвижение рыбы между ними. 1

Также в реке Кагера можно поймать, например, окуня, ерша, налима, краснопёрку, подуста, уклейку, быстрянку, пескаря, белого амура, вьюна и гольца. 23