Некоторые виды птиц, которые являются эндемиками Баргузинского заповедника:

• Орлан-белохвост. 24 Крупная хищная птица из семейства ястребиных, занесённая в Красную книгу. 4 Селится в Чивыркуйском заливе и на перешейке полуострова Святой Нос, на северо-восточном побережье Байкала. 2
• Дубровник. 2 Певчая птица, яркая по окрасу и быстрая в перемещении. 2 Занесена в Красные книги России и Бурятии. 2

Также среди гнездящихся птиц заповедника преобладают виды сибирского типа: каменный глухарь, рябчик, глухая кукушка, длиннохвостая и бородатая неясыти, мохноногий и воробьиный сычи, кукша, кедровка, щур, обыкновенный и белокрылый клесты, синехвостка, сибирская завирушка и другие. 1