В качестве индикаторов загрязнения водоёмов используют разные виды бактерий, например:

• Термотолерантные колиформные бактерии (ТКБ). 2 Их присутствие свидетельствует о свежем фекальном загрязнении. 2 В большинстве случаев в этой группе обнаруживается кишечная палочка Escherіchіa colі. 2
• Колифаги. 2 Вирусные частицы более устойчивы к окружающей среде, чем бактерии, в которых они обитают. 2 Содержание колифагов говорит о наличии опасных для человека энтеровирусов в воде. 2
• Спорообразующие клостридии (Clostridium botulinum, Clostridium perfringens, Clostridium tetani). 2 Споры клостридий могут сохраняться долгое время, поэтому этот показатель говорит о наличии давнего загрязнения. 2
• Энтерококки. 12 Поскольку эти микроорганизмы выживают во внешней среде относительно недолго, их обнаружение служит показателем свежего фекального загрязнения. 1
• Протеолитические бактерии. 1 Они являются индикаторами присутствия в водной среде веществ белковой природы: казеина, желатина, коллагена и т. д.. 1
• Нитрифицирующие бактерии. 3 Их наличие в воде свидетельствует о содержании полуразложившихся органических остатков, вовлечённых в процесс аммонификации. 3
• Тионовые бактерии. 3 Их присутствие в пробах природной воды может свидетельствовать о присутствии в ней органических загрязнений. 3