Некоторые уникальные виды пещерных животных, которые обитают в Мамонтовой пещере:

• Пещерные сверчки. 3 Эти животные развили в себе особые качества и чутье, позволяющие использовать тёмные и сырые проходы пещер для своего выживания. 3
• Древесные дрозды Аллегейни. 3
• Рафинские ушастые летучие мыши. 3
• Пещерная саламандра. 5
• В реках и озёрах — рыбки-слепоглазки и кентуккийская пещерная креветка. 5

Также в Мамонтовой пещере найдено более 70 видов древних рыб, около 90% из которых представляют собой хрящевых рыб (акул и их сородичей). 1