Некоторые уникальные реликтовые деревья, которые растут в Дилижанском заповеднике:
- Тис ягодный. 1 Типичный реликт третичного периода, отдельные деревья которого встречаются по всей территории заповедника. 1 В Ахнабадском ущелье сохранилась тисовая роща, где растут прямоствольные экземпляры возрастом 300–400 лет, высотой 20 м и более (самые крупные — до 25 м) при диаметре 75–80 см. 1
- Сосна Коха. 1 Также сохранилась с третичного периода, на территории заповедника есть небольшие рощицы этого дерева. 1
- Рододендрон кавказский. 12 Произрастает на юго-западе заповедника по верхней границе леса. 1
Кроме того, в заповеднике есть группа видов средиземноморского происхождения, сохранившихся с третичного периода: держидерево, фисташка туполистная, различные виды можжевельников. 1