Некоторые уникальные природные явления, которые наблюдаются на озере Алаколь:

• Изменение цвета воды. 13 Оттенки воды зависят от времени суток и погоды: когда ясно — вода нежно-голубая, когда пасмурно — серая, если идёт дождь — рыжевато-коричневая, если шторм — почти чёрная. 3
• «Плавающие» острова. 1 На озере есть несколько небольших островов, которые могут менять своё положение благодаря дрейфующим зарослям тростника. 1
• Высокие волны во время прилива. 2 Алаколь считается рекордсменом по самым высоким волнам. 2
• Штормовые явления. 4 Ветер юго-восточного направления (евгей) вызывает штормы с высотой волн до 4–5 метров. 4
• Пыльные бури. 4 Возникают в соседних пустынях Кашгарии и благодаря мощному переносу воздушными массами через Джунгарские ворота заполняют пыльным туманом Алакольскую котловину и прилегающие равнины. 4