Некоторые уникальные природные явления, которые можно наблюдать в Филиппинском море:

• Гигантская котловина древнего вулкана. 1 В 2019 году на дне моря была открыта вулканическая котловина диаметром порядка 150 км. 1
• Блуждающие волны-убийцы. 2 Их высота может достигать 30 м, что достаточно, чтобы накрыть даже большой корабль. 2
• Подводные извержения вулканов. 2 Дно Филиппинского моря состоит из стыков вулканических плит, здесь огромное количество подводных вулканов, многие из которых активны. 2 Подводное извержение провоцирует выбросы дыма и газа. 2
• Апвеллинг. 5 При этом явлении питательные вещества из глубин моря поднимаются в мелководные прибрежные воды, вызывая цветение планктона. 5