Некоторые уникальные природные явления, которые можно наблюдать в Японском море:

• Великие водовороты Наруто. 1 Возникают, когда во время приливов и отливов воды Внутреннего Японского моря сталкиваются с течениями Тихого океана. 1 Наблюдать за ними можно, например, с пересекающего пролив моста Онаруто в Японии. 1
• Ночесветка (ноктилюка). 2 Прозрачный розовато-рыжий шарик диаметром около 2 мм, который облачками поднимается к поверхности воды. 2 Наиболее заметны вспышки свечения ноктилюки в периоды, пока вода ещё толком не прогрета. 2
• Голубое свечение воды (биолюминесценция). 3 Его вызывают маленькие креветки, которых чаще всего называют морскими светлячками. 3 Удивительных светящихся существ можно увидеть каждый год в период с мая до конца октября. 3 Чаще всего они обитают на морском мелководье. 3
• Белые приливы. 4 Редкое явление в акватории залива Сагами, при котором море окрашивается в молочно-белый и изумрудно-зелёный цвета. 4 Белый прилив образуется при взрывном увеличении фитопланктона. 4