Некоторые уникальные природные особенности реки Лимпопо, которые отличают её от других южноафриканских рек:

• Обилие крокодилов. 12 Берега реки в верховьях покрыты густой растительностью, сама она мелкая, а из-за извилистого русла имеет много заводей, в которых поджидают добычу эти хищники. 1
• Сезонное пересыхание. 1 С июня по сентябрь река сильно пересыхает, и крокодилы по её берегам вынуждены спасаться от зноя в неглубоких бочажках и омутах. 1
• Слабое течение и большое количество ила. 34 Прозрачность воды слабая. 3
• Наличие нескольких порогов. 45 Река течёт зигзагами и стекает с внутреннего откоса Южной Африки. 45
• Наличие плотин. 2 На реке Лимпопо и её притоках построены плотины, которые позволяют обеспечить часть населения питьевой водой. 2