Некоторые уникальные горные озёра заповедника «Кузнецкий Алатау»:

• Среднетерсинское. 14 Самое глубокое озеро Кузбасса, его глубина составляет более 60 метров. 4 Из озера берёт начало река Средняя Терсь. 4
• Рыбное. 14 Самое большое горно-ледниковое озеро Кемеровской области, его длина — 1000 метров, ширина — 500 метров. 4 Из этого озера берёт своё начало река Верхняя Терсь, одна из красивейших рек заповедника. 4 В озере постоянно обитает озерная форма хариуса. 45
• Малое Рыбное. 2 Расположено в цирке горы Белый Голец (1594 метра), окаймлено его склонами с двух сторон, а в теневой части цирка имеется небольшой ледник. 2 Также является горно-ледниковым водоёмом. 2

Всего на территории заповедника 44 озера, подавляющая часть которых имеет горно-ледниковое происхождение. 2