Некоторые уникальные экосистемы, которые существуют на островах Ладожских шхер:

• Лесные сообщества. 5 Около 85% территории занимают хвойные леса, из них сосновые — 90% и еловые — около 10%. 5 Здесь встречается несколько сотен видов мхов и лишайников, а ещё много брусники, смородины, морошки и грибов. 2
• Скальные комплексы. 5 Открытые скалы являются благоприятными для многих видов растений, как южных (например, гвоздика песчаная, змееголовник Рюйша), так и северных (пузырник Дайка, осока норвежская, крупка серая, различные виды камнеломок). 5
• Сообщества лугов. 5 По берегам рек и озёр на первых террасах узкой полосой (до 5 м, обычно не более 1–2 м) встречаются луга естественного происхождения. 5
• Сообщества водной и прибрежно-водной растительности. 5 В шхерной части распространены 3 типа литорали (приливно-отливные зоны): скалисто-глыбовая, каменистая и песчаная. 5

Также шхерная зона — особое место для размножения и нагула уникального подтипа кольчатой нерпы, эндемичного для Ладожского озера, который занесён в Красные книги МСОП, Российской Федерации и Республики Карелии. 1