Некоторые уникальные экологические проблемы, связанные с Великими озёрами:

• Инвазивные виды. 3 Примерно каждые восемь месяцев в озёра проникает новый вид, что серьёзно нарушает экосистемы в этом районе. 3 Например, численность дипорийных креветок в озере Мичиган резко сократилась из-за нашествия зебровых мидий. 3
• Загрязнение из точечных источников. 3 Загрязняющие вещества попадают в водоёмы, например, со сбросом городских или промышленных сточных вод. 3
• Физическое загрязнение. 4 На электростанциях для охлаждения используется озерная вода, при этом обратно сбрасывается подогретая на 8–12 градусов. 4 Это ведёт к снижению растворённого в воде кислорода, замедляет процесс её самоочищения, способствует бурному развитию водорослей и в конечном итоге ведёт к ухудшению качества воды. 4
• Потеря прибрежных заболоченных земель и береговых линий. 4 Это приводит к изменению биологического и химического состава вод, проходящих через них и поступающих в открытые воды Великих озёр. 4