Некоторые уникальные экологические особенности реки Лены, которые делают её значимой на международном уровне:

• Бассейн Лены — сложная экосистема планетарного ранга. 2 На экологию реки влияют экстремальные условия климата, а также участки с повышенной концентрацией тяжёлых металлов в почве и растительном покрове. 2
• Бассейн Лены включает все природные ландшафты — от степей до арктической тундры. 4
• Лена — одна из немногих крупных рек континента, на которой не построено ни одной плотины гидроэлектростанций либо других гидротехнических сооружений. 2 Её бассейн хранит нетронутые или практически не нарушенные человеком ландшафты. 2
• Лена — единственная река, протекающая в области, где формируются уникальные природные комплексы, в том числе и ледовый, которые обусловлены резким континентальным климатом и многолетней мерзлотой. 2
• Лена — единственная река Сибири, которая пока остаётся чистой. 4

Однако на экологию реки влияют и негативные факторы, среди которых заготовка леса, разработка месторождений золота, сброс сточных вод с населённых пунктов, расположенных на берегах реки, а также движение речного транспорта. 2