Некоторые угрозы для популяции каспийской черепахи в природе:

• Осушение пресных водоёмов из-за аридизации и отвода воды для орошения. 2
• Загрязнение водоёмов продуктами жизнедеятельности скота. 2
• Прямое уничтожение местным населением, которое считает, что черепаха питается рыбой, разводимой в прудах. 2
• Гибель в рыболовных сетях. 2
• Нападение хищников, в том числе птиц (аистов, сипов) и млекопитающих. 5 Особенно опасны для молодых черепах. 5

В последние десятилетия отмечено сокращение численности каспийских черепах на низменностях и в предгорьях из-за аридизации климата и хозяйственного освоения мест обитания. 2

Каспийская черепаха включена в Красную книгу Республики Дагестан как редкий вид, находящийся в уязвимом положении. 2 Для сохранения популяции необходимо вести борьбу с браконьерством и проводить мониторинг состояния водоёмов. 2