Проблемы рационального использования пресноводных экосистем включают:

• Загрязнение водных объектов. 12 В них попадают химические вещества (кислоты, щёлочи, соли тяжёлых металлов, нефть и нефтепродукты, пестициды), биологические агенты (вирусы, бактерии, водоросли, плесневые грибы) и физические элементы (радиоактивные элементы, песок, глина). 2 Это приводит к деградации водных объектов и ухудшению условий для нормальной жизнедеятельности водных организмов. 1

• Нерациональное использование рыбных и других живых ресурсов. 1 Неблагоприятное экологическое состояние многих пресноводных экосистем наносит существенный урон рыбным ресурсам. 1

• Нарушение естественного движения водных масс. 3 Вмешательство человека приводит к истощению водных ресурсов или повышению рисков возникновения чрезвычайных ситуаций (наводнения, засухи, истощение подземных источников водоснабжения, засоление или повышение минерализации воды). 3

• Осушение водно-болотных угодий. 4 Это может привести к потере их естественной очистки или защиты от наводнений. 4

• Недостаток мониторинга качества воды. 4 Для борьбы с загрязнением воды не всегда хватает данных о масштабах, воздействии и источниках загрязнения пресноводных ресурсов. 4

Для решения проблем рационального использования пресноводных экосистем необходимы совершенствование законодательной базы, развитие систем предотвращения сбросов в водные объекты всех видов загрязнений, внедрение ресурсосберегающих и безотходных технологий. 5