Естественные ареалы произрастания зверобоя продырявленного включают:

• Евразию — от Атлантического побережья до Сибири, Монголии и Китая. 15
• Северную Африку. 15
• Канарские и Азорские острова. 15

Также зверобой продырявленный встречается в следующих регионах:

• Лесная, лесостепная и степная зоны европейской части России. 4
• Западная и Восточная Сибирь, Забайкалье. 4
• Кавказ. 4
• Крым. 4
• Средняя Азия. 4
• Беларусь и Украина. 4

Как натурализовавшееся растение зверобой продырявленный растёт в Австралии, Новой Зеландии, Японии, Южной и Северной Америке. 15