Некоторые редкие виды животных, которые можно увидеть в Васюганском заповеднике:

• Северный олень. 12 На территории Новосибирской области он является охраняемым видом, а в Томской — охотничьим. 1
• Сибирская косуля. 12 Занесена в Красную книгу Томской области. 2
• Речная выдра. 1
• Северный кожанок (из семейства гладконосых летучих мышей). 1

Среди краснокнижных видов птиц в заповеднике можно встретить, например, орлана-белохвоста. 5 Также здесь обитают беркут, большой веретенник, лебедь-кликун, белая цапля, белая куропатка, серые журавли и другие. 5