Некоторые редкие виды растений, которые можно найти в Ладожских шхерах:

• Прострел весенний. 1 Находится в крайнем северо-восточном пункте ареала. 1
• Венерин башмачок настоящий. 1
• Лобелия Дортмана. 1
• Надбородник безлистный. 1
• Мокричник весенний. 1 Находится здесь в изолированном и отстоящем на 2 тыс. километров от основной части ареала местонахождении. 1
• Минуарция весенняя. 24 Травянистое растение семейства гвоздичные, которое растёт вблизи посёлка Импилахти в национальном парке «Ладожские шхеры». 4
• Торица Морисона. 2
• Мох андреэа толстожилковая. 2

Также в водных сообществах парка встречаются полушник колючеспоровый и полушник озёрный. 1