Некоторые редкие и исчезающие виды животных, которые обитают в Баргузинском заповеднике:

• Дрофы. 15
• Скопы. 15
• Беркуты. 15
• Орланы-белохвосты. 15
• Лесные северные олени. 15
• Таймени. 15

Также в Красную книгу Бурятии занесены алтайский крот, речная выдра, сибирский горный козёл, манул и другие виды. 15

Кроме того, к редким и исчезающим видам животных заповедника относят чёрных журавлей, которые изредка весной появляются на побережье Байкала. 3 Этот вид является эндемиком и относится к категории очень редких, исчезающих, внесён в Красные книги МСОП, СССР, РФ и Республики Бурятия. 3