В пустыне Регистан обитают следующие растения: полыни, эфемеры и эфемероиды. 14 По долинам рек и у подножий гор встречаются редкие оазисы, русла наиболее крупных рек сопровождаются тугайной растительностью. 14
Среди животных в пустыне распространены овцы, козы и верблюды. 13 Также здесь обитает 391 вид позвоночных, в том числе несколько эндемичных видов рептилий: афганская жабоголовая агама, геккон Миссоне, остроносый скакун и тёмноголовый карликовый скакун. 5
Кроме того, в регионе есть несколько сезонных водно-болотных угодий на западном конце реки Гильменд, впадающей в озеро Хамун. 5