Некоторые проблемы, которые возникают при создании глобальных экологических моделей:

• Отсутствие чёткой оценки исходного состояния природной среды. 1 При этом оценки исходного состояния системы в разноцелевых моделях могут быть достаточно противоречивы. 1
• Не учёт поворотных точек (точек бифуркации). 1 Они могут возникать в состоянии природной среды. 1
• Дефицит информации о состоянии природных систем. 1 Это связано с большим объёмом и высокой стоимостью предварительных полевых и лабораторных исследований. 2
• Разнородность информации. 2 Например, изменение методики ежегодного отбора проб делает даже надёжную информацию непригодной к использованию при моделировании временной динамики. 2
• Отсутствие чётких рекомендаций и расчётов по определению допустимых хозяйственных нагрузок на экосистемы. 1 Также открытым остаётся вопрос о пределах нагрузки на биосферу в целом. 1