Некоторые проблемы, которые возникают при использовании Оби для судоходства:

• Устаревание транспортного флота. 1 Свыше 70% транспортных судов имеют срок службы более 20 лет, их технический и эксплуатационный уровень остаётся низким. 1
• Мелководье. 15 В отрасли нет транспортных средств, способных работать в условиях крайнего мелководья рек (с глубинами 0,5–0,8 м). 1
• Низкий уровень воды. 35 Это делает судоходство рискованным и убыточным, а на пути следования теплоходов появляются участки с высоким риском сесть на мель. 35
• Загрязнение реки. 2 В неё попадают бытовые и промышленные стоки, мусор, машинное масло и выхлопные газы от судовых двигателей. 2