Некоторые проблемы, которые возникают из-за заиления судоходных каналов Чудского озера:

• Сложности с движением судов. 14 Особенно это касается пристаней, куда приходят пассажирские и грузовые суда. 14
• Утрата исторических артефактов. 4 Под толстым слоем ила могут скрываться погосты, старейшие населённые пункты, кладбища и другие важные объекты. 4

Кроме того, из-за наносов песка и ила вода в озере не отличается прозрачностью. 3

Для решения проблемы с заилением судоходных каналов Чудского озера необходимо проводить их очистку, в том числе на участках пристаней. 14