Некоторые проблемы, которые существуют вокруг экологии озера Титикака:

• Загрязнение воды. 12 В близлежащих городах отсутствуют очистные сооружения, и загрязнённые сточные воды сбрасываются в водоём. 2 По реке в озеро попадают использованные иглы и шприцы, пластиковые бутылки, автомобильные шины и другой долгоразлагающийся мусор. 3
• Размножение водорослей. 3 Избыток азота и фосфора стимулирует активный рост водорослей, который губительно сказывается на жизни остальных обитателей водоёма. 2
• Уменьшение численности рыб и других водных организмов. 1 Неправильные методы рыболовства и аквакультуры приводят к уменьшению популяции рыб. 1
• Падение уровня воды. 1 С 2003 года наблюдается тенденция к падению уровня воды в озере Титикака и его притоках. 1

Такая ситуация сказывается не только на состоянии экосистемы, но и наносит экономический ущерб — местные жители не могут использовать воду в хозяйстве, туристический поток ежегодно сокращается. 3