В Печорском угольном бассейне существуют следующие проблемы:

• Устаревшее оборудование, требующее модернизации. 1
• Проблема сбыта дорогого угля. 1
• Истощение разрабатываемых месторождений. 1 Требуется доразведка и открытие новых месторождений в пределах бассейна. 1
• Плохо развитая инфраструктура в населённых пунктах, что приводит к оттоку населения. 1
• Суровые условия добычи угля повышают себестоимость и без того дорогого топлива. 1
• Экологические проблемы. 12 Они связаны с терриконами (отвалами пустой породы), просадкой грунта на месте выработок, уничтожения естественной растительности северной природы, загрязнением угольной пылью. 1

Также к проблемам Печорского угольного бассейна можно отнести проблемы в социальной сфере и области транспортной инфраструктуры. 4 Население городов, ориентированных на добычу полезных ископаемых, невысоко, уровень жизни в них далек от того, который мог бы обеспечить большое количество желающих работать из других регионов. 4