В Кузнецком угольном бассейне существуют следующие проблемы:

• Невыгодное географическое положение. 3 Территория находится вдали от основных районов, которые могли бы стать потенциальными потребителями. 1 В результате возникают сложности в транспортировке полезных ископаемых, так как железнодорожные сети в данном регионе развиты плохо. 1

• Экологическая ситуация региона. 14 Так как интенсивность хозяйственного освоения высокая, вблизи населённых пунктов функционирует большое количество предприятий, добывающих и перерабатывающих уголь. 1 В данных регионах экологическое состояние характеризуется как кризисное и даже катастрофическое. 1

• Аварии на шахтах и разрезах. 3 На территории Кузбасса часто происходят аварии, поэтому в городах Новокузнецке, Кемерове, Ленинске-Кузнецком, Прокопьевске и Киселёвске существуют военизированные горноспасательные части в составе МЧС России. 3