Некоторые признаки шалфея мускатного в цветущем состоянии:

• Соцветия крупные, кистевидные, от 15 до 40 см и более длины, состоящие из цветоносных осей различных порядков, метельчато-ветвистые, реже слабоветвистые или простые. 4
• Чашечка длиной 10–12 мм. 1
• Венчик в два-три раза длиннее чашечки, розоватый, белый или сиреневый. 1 Верхняя губа серповидная, нижняя — с широкообратнояйцевидной средней лопастью и продолговатыми, обычно скрученными боковыми лопастями. 1
• Цветки обоеполые, супротивные, расположены в сложном соцветии полумутовками по 2–6 с каждой стороны. 4

Цветёт шалфей в июне–июле, иногда до августа. 4