Некоторые крупные притоки реки Вилюй:
- Марха. 15 Длина — 1181 км. 1
- Тюнг. 1 Длина — 1092 км. 1
- Чона. 14 Впадает в Вилюйское водохранилище. 4 Длина — 802 км. 1
- Тюкян. 1 Длина — 747 км. 1
- Ыгыатта. 1 Длина — 601 км. 1
- Улахан-Ботуобуя. 1 Длина — 459 км. 1
- Чыбыда. 1 Длина — 451 км. 1
- Улахан-Вава. 1 Длина — 374 км. 1
Также к правым притокам относятся Улахан-Вава, Чиркуо, Чона, Чыбыда, Улахан-Ботуобуя, Оччугуй-Ботуобуя, Баппагай, Тонгуо. 25