В Хакасском заповеднике представлены две природные группы: степная (семь зон) и горно-таёжная (две зоны). 13

Степная группа включает в себя семь участков: 3

• «Озеро Шира» (площадь 1 397 га); 3
• «Озеро Иткуль» (площадь 5 547 га); 3
• «Озеро Белё» (площадь 5 285 га); 3
• «Оглахты» (площадь 2 590 га); 3
• «Камызякская степь с озером Улуг-Коль» (площадь 4789 га); 3
• «Хол-Богаз» (площадь 2 499 га); 3
• «Подзаплоты» (площадь 5 181 га). 3

Горно-таёжная группа включает в себя два участка, расположенных в среднегорной и высокогорной части северного макросклона Западного Саяна: 3

• «Малый Абакан» (площадь 97 829 га); 3
• «Заимка Лыковых» (площадь 142 441 га). 3