Некоторые природные явления, которые привели к образованию глубокой центральной котловины Плещеева озера:

• Карстовые процессы. 25 В результате выщелачивания солей под дном озера образовалась пустота, а затем провал, что привело к образованию глубокого озера. 25
• Ледниковое происхождение. 23 Озеро возникло около 30 тысяч лет назад в результате отступления континентальных ледников. 3
• Термокарстовые явления. 2 Котловина могла сформироваться в результате постепенного вытаивания огромной погребённой линзы льда. 2

Также есть версия, что определённую роль в формировании котловины сыграли карстовые явления — процесс, при котором горные известняковые породы растворяются природными водами, а полученная масса оседает на дне озера, образуя его дно. 3